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今天用到了R package earth ,该包有个数据挖掘的多元自适应回归样条法(multivariate adaptive regression splines),但是，用该方法来分类时，就会出Bug。如下面的Bug提示信息：

Error in ylevels[apply(map.RF, 1, which1)] : 
  invalid subscript type 'list'

查找原因花了几个小时，终于发现错误的源头。

R对土壤数据的制图（digital soil mapping DSM）支持的功能还是比较全面的，本文主要整理一下最近用到的、不可或缺的R packages，主要分为：

• （1）GIS：空间数据（矢量和栅格）处理和分析，包括sp、raster、rgdal、RSAGA、maptools；
• （2）模型：土壤制图所需要的分类模型，包括caret、Cubist、C5.0、gam、nnet、gstat；
• （3）出图：探索性分析和出图，包括ggplot2；
• （4）专业：包括soilPhysical(如土壤水分特征曲线的分析)，soilTexture，GSIF。

各包具体链接如下：

R根据shapefiles包可以读取Shapefile，并依据sp Link 包对空间数据处理，其中一个基本的需求是对空间点按照不同的Ploygon分组，要实现了这一基本功能，主要用到Sp的over函数，该函数返回Ponit所在Ploygon的ID。

修改记录（2015.5.20）: 如Polygon较复杂（如有岛、洞等），用shapefiles包出了问题，可能原因是convert.to.simple简化后，Ploygon的上点顺序发生变化，所以在取点的位置时，有的点明明在Ploygon里面而没有找到。但可以用mapTools Link 包readShapeSpatial函数可以解决，该函数使shapefiles一下子就转换成SpatialPolygonsDataFrame对象了，该对象也可以直接用于over函数的参数，这种方法可以说更简单，更合理，更高效，推荐首选这种方法。

根据经纬度提取栅格值很常用，也有很多方法，如ArcGIS,但只能提取单波段值；其他ENVI+IDL估计要多行代码才能实现，如Code，但是，R语言的Raster包，很简单，只用函数extract即可（http://www.inside-r.org/packages/cran/raster/docs/extract）。需要说明的是如果是多波段，需要用stack读入栅格，否则只能获取第一波段的值。示例代码如下（多点同时提取）：

这2天初步学习了一下R语言，主要用R做土壤剖面数据整理，R有个优秀的包（AQP），就仅仅这个包而言，给人的感觉就很震撼，所以，R值得学习。相比其他高级语言（如Matlab，IDL），R的优势不是完整连贯的统计分析工具，优秀的统计制图功能，而是它属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件，正因为如此，CRAN（Comprehensive R Archive Network）使它拥有很多的实用包，新手可以学习的资源很多，如http://cran.r-project.org/other-docs.html这个网站就不错，如果你学过编程语言，应该几天就能熟悉并能写出基本的R脚本了，下面展示本人收集的一点儿资料，共享给大家，相信作为入门足够了。此外，R也加入对面向对象的支持，面向对象入门学习可以参考http://www.tuicool.com/articles/VVBVna